Chemical Science: Computational Chemistry

Showing posts with label Computational Chemistry. Show all posts

Saturday, 27 April 2013

Computer Scientists Suggest New Spin On Origins of Evolvability: Competition to Survive Not Necessary?

Scientists have long observed that species seem to have become increasingly capable of evolving in response to changes in the environment. But computer science researchers now say that the popular explanation of competition to survive in nature may not actually be necessary for evolvability to increase.

Read more here.

The average evolvability of organisms in each niche at the end of a simulation is shown. The lighter the color, the more evolvable individuals are within that niche. The overall result is that, as in the first model, evolvability increases with increasing distance from the starting niche in the center. (Credit: Joel Lehman, Kenneth O. Stanley. Evolvability Is Inevitable: Increasing Evolvability without the Pressure to Adapt. PLoS ONE, 2013; 8 (4): e62186 DOI: 10.1371/journal.pone.0062186)

Credit: http://today.ucf.edu

Saturday, 19 January 2013

Overview of Computational Chemistry

Chemists have been some of the most active and innovative participants in this rapid expansion of computational science. Computational chemistry is simply the application of chemical, mathematical and computing skills to the solution of interesting chemical problems. It uses computers to generate information such as properties of molecules or simulated experimental results. Some common computer software used for computational chemistry includes:

Gaussian xx, Gaussian 09 currently
GAMESS
MOPAC
Spartan
Sybyl

Click here for more details.

Credit: http://www.shodor.org/chemviz/overview/

Wednesday, 17 October 2012

Molecular Modeling

A model is a semblance or a representation of reality. Early chemical models were often mechanical, allowing scientists to visualize structural features of molecules and to deduce the stereochemical outcomes of reactions. The disadvantage of these simple models is that they only partly represent (model) most molecules. More sophisticated physics-based models are needed; these other models are almost exclusively computer models.

Subhashitham

उद्यमेनैव सिध्यन्ति कार्याणि न मनोरथै: ।
न हि सुप्तस्य सिंहस्य प्रविशन्ति मुखे मृगा: ॥

अयं निज: परो वेति गणना लघुचेतसाम् ।
उदारचरितानां तु वसुधैव कुटुम्बकम् ॥

न कश्चिदपि जानाति
किं कस्य श्वो भविष्यति ।
अतः श्वः करणीयानि
कुर्यादद्धैव वुद्धिमान् ॥

आचार्यात् पादमादते पादं शिष्यः स्वमेधया ।
पादं सब्रह्मचारिभ्यः पादं कालक्रमेण च ॥

उपकारिषु यः साधुः सधुत्वे तस्य को गुणः ।
अपकारिषु यः साधुः स साधुरिति कीर्तितः ॥

च्छायामन्यस्य कुर्वन्ति तिष्ठन्ति स्वयमातपे ।
फलान्यापि परार्थाय वृक्षाः सत्पुरुषाः इव ॥

जलबिन्दुनिपातेन क्रमशः पूर्यते घटः ।
स हेतुः सर्वविद्यानां धर्मस्य च धनस्य च ॥

अग्निशेषमृणशेषं शत्रुशेषं तथैव च |
पुन: पुन: प्रवर्धेत तस्माच्शेषं न कारयेत् ||

पृथिव्यां त्रीणि रत्नानि जलमन्नं सुभाषितम् |
मूढै: पाषाणखण्डेषु रत्नसंज्ञा प्रदीयते ||

नाभिषेको न संस्कार: सिंहस्य क्रियते मृगैः |
विक्रमार्जितराज्यस्य स्वयमेव मृगेंद्रता ||

स्वभावो नोपदेशेन शक्यते कर्तुमन्यथा ।
सुतप्तमपि पानीयं पुनर्गच्छति शीतताम् ॥

यस्मिन् जीवति जीवन्ति बहवः स तु जीवति ।
काकोपि किं न कुरुते चञ्च्वा स्वोदरपूर्णम् ॥

दनेन तुल्यो विधिरास्ति नान्यो
लोभोच नान्योस्ति रिपुः पृथिव्या ।
विभूषणं शीलसमं च नान्यत्
सन्तोषतुल्यं धनमस्ति नान्यत् ॥

संरोहति अग्निना दग्धं वनं परशुना हतं ।
वाचा दुरुक्तं बीभत्सं न संरोहति वाक् क्षतम् ॥

अहो दुर्जनसंसर्गात् मानहानिः पदे पदे ।
पावको लोहसंगेन मुद्रगरैरभिताद्यते ॥

द्वौ अम्भसि निवेष्टव्यौ गले बद्ध्वा दृढां शिलाम् । धनवन्तम् अदातारम् दरिद्रं च अतपस्विनम् ॥

Pages

Search This Blog